根据《果洛州人民政府办公室关于印发州交通局主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（[2010]206号）精神，州交通局设3个内设机构，分别为：

  （一） 综合科（交通战备办公室）

　　负责文电、纪要、保密、信访、档案等机关日常工作；承办行政执法、行政复议和行政应诉工作；负责局机关人事、劳动工资、机构编制工作；承办州交通局战备办公室的日常工作。

　（二）工程建设与养护管理科

　　监督实施工程建设相关政策、制度和技术标准；组织协调有关重点工程建设和工程质量、安全生产监督管理工作，指导监督交通运输基础设施管理和维护；承担交通运输领域突发事件的应急工作，组织协调重点物资和紧急客货运输；承担公路及其设施的维护和路政管理工作；指导农村公路、水路基础设施的维护和管理工作。

　（三）规划科

　　拟定全州交通发展的中长期发展规划并监督实施；负责汽车维修市场、汽车驾驶学校和出租汽车行业管理工作；执行交通运输行业政策、规章和技术标准，维护交通晕撒胡行业平等竞争秩序；负责统计工作，发布相关信息；指导实施公路、水路行业环境保护和节能减排规划。