(1)贷款对象不同。住房公积金管理机构发放的住房抵押贷款的对象是住房公积金的交存人，而且还有一些限制条件。而一般的金融机构发放的住房抵押贷款对象是具有完全民事行为能力的自然人，其对象的范围大于前者。

　　(2)贷款额度不同。一般的金融机构发放的住房抵押贷款的最高贷款额不得超过购房款的80%。而住房公积金管理机构发放的住房抵押贷款的最高额度，各地的标准不太一样，而且还要取决于本人公积金帐户中的额度。

　　(3)贷款程序不同。公积金贷款和商业贷款都在购房时提出申请，只是公积金贷款需要经过公积金管理中心初审和复审来核定额度和是否符合贷款条件。而商业贷款就只经过贷款银行审核。

　　(4)贷款利率不同。公积金贷款的利率是按照国家规定在住房公积金计息利率的基础上加规定利差，区别于商业银行贷款基准利率，而且一般比商业贷款利率低。